La storia delle collezioni vede gli albori nel 1826, quando il catanese Giovan Battista Finocchiaro lascia alla città di Catania la sua preziosa collezione di dipinti. Di questa raccolta, comprendente molte tele di scuola napoletana, .faceva parte anche la grande tela raffigurante S. Cristoforo, unanimemente riconosciuta al Pietro Novelli. A questo primo gruppo di opere si aggiunge, nel 1866, la raccolta dei PP. Benedettini entrata in possesso del Comune di Catania a seguito dello scioglimento delle corporazioni religiose.
Il Museo Benedettino si forma a metà del settecento per impulso dell'abate Vito Amico, intellettuale tra i più apprezzati del tempo, e del priore Placido Scammacca. Essi raccolgono, nel sontuoso Monastero di S. Nicolò, materiali greci e romani scavati e rinvenuti in città o acquistati sul mercato antiquario di Napoli e Roma, e oggetti portati dai missionari al ritorno dalla Cina e dal Giappone.
Quasi nello stesso periodo in cui i monaci costituivano la loro collezione, il patrizio catanese Ignazio Paternò Castello, V principe di Biscari, formava nel suo palazzo alla Marina un'altra ed ancora più ricca raccolta che fu, a partire dal '700 e per molto tempo ancora, attrattiva per i viaggiatori nella Catania del settecento. Numerose sono le pagine che Goethe e Brydone, dedicarono nei loro resoconti alle raccolte di antichità dei Benedettini e del Principe di Biscari.
A partire dal 1862, iniziarono i tentativi del Comune di Catania per entrare in possesso della collezione che, dopo la morte del principe Biscari, rischiava di andare dispersa tra i numerosissimi eredi. Solo tra il 1927 ed il 1930, con le donazioni degli eredi e con l'acquisto, da parte del Comune delle quote residue, la collezione entra, finalmente, a far parte del patrimonio del Museo.
Il nucleo principale della raccolta Biscari è costituito da materiali archeologici provenienti dagli scavi eseguiti a Catania e nei fondi di famiglia, nei pressi dell'antica Camarina, nonché da acquisti fatti a Napoli, Roma e Firenze. Tra i pezzi più pregevoli della collezione alcuni splendidi vasi attici, terrecotte arcaiche, ed un cospicuo gruppo di bronzi.
Il Museo Civico è sorto grazie alle donazioni di illustri collezionisti privati catanesi, rappresenta quindi una testimonianza della storia culturale della città.
La raccolta si arricchì ancora con altri acquisti, donazioni e lasciti che incrementarono per lo più la pinacoteca; al periodo tra il 1934-38 risale il lascito del legato Mirone e al 1936-46 il legato Zappalà Asmundo, mentre è del 1947 il lascito Balsamo.
Furono acquistate alcune importanti tele del pittore Natale Attanasio tra il 1961 e il 1962, mentre tra il 1967 e il 1968 furono donati al Museo i dipinti dello stesso pittore che costituivano la collezione Brizzi De Federicis. Al 1978 risale l'acquisto di un'importante raccolta di dipinti del pittore Giuseppe Sciuti. Al 2013 risale il lascito Francesco Belfiore composto di 19 opere pittoriche dell'artista catanese Antonino Gandolfo.
Quasi tutto visitabile e a breve dopo grande ristrutturazione anche i settori del deposito.
Tra le opere esposte ricordiamo una piccola raccolta di tavolette bizantine, le opere della collezione Finocchiaro: San Cristoforo di Pietro Novelli, Natività di Geraci (copia della Natività di Caravaggio, trafugata a Palermo nel 1969), Morte di Catone di Matthias Stomer., l'Ultima cena di Luis de Morales (sec. XVI), il già citato S. Cristoforo di Pietro Novelli, il Cristo deriso e la Morte di Catone, già attribuito a Gerardo von Hontorst, ma che alcuni esperti ritengono piuttosto debbano essere attribuite al suo allievo, il fiammingo Matthias Stomer.
Oggi il museo è visitabile quasi in tutti i suoi spazi, si possono ammirare opere già dalla prima sala d'ingresso, la sala delle Armi, proseguendo un ascensore o delle ampie scale fanno accedere ai due piani superiori, al primo si trova la grande Pinacoteca, al secondo livello, un Open space, oltre ad ospitare altri percorsi museali, Numismatica, disegni ed incisioni dell'architetto Sebastiano Ittar, macchine tessili di una fabbrica catanese dell'800, e ancora opere pittoriche e scultoree, si apre in fondo alla sala una vista dall'alto con sfondo l'Etna e i tetti della città. Il museo ancora oggi è luogo di rinnovamento e crescita, aprirà tutte le sue sale del deposito grazie a un grande progetto di riqualificazione, "work in progress".