Salendo per via Cappuccini fino a trovarci in una piccola e graziosa piazzetta dove su un imponente frammento delle mura di Carlo V, sorge la Chiesa che è stata costruita davanti al carcere dove la santa patrona della città, S. Agata fu rinchiusa durante il processo, portata dopo il martirio, guarita dall'apostolo Pietro e dove esalò l'ultimo respiro il 5 febbraio 251 d.C.
È possibile che esso fosse interrato ed annesso alle costruzioni nei pressi di un edificio amministrativo della città romana, là dove si presume si trovasse la residenza rappresentativa del console Quinziano suo persecutore.
Il portale di questa chiesa barocca è medievale( forse di epoca sveva del 1241) ed apparteneva alla facciata dell'antico Duomo normanno, salvato dalle macerie del 1693; fu rimosso da Gian Battista Vaccarini, che soprintendeva ai lavori per il prospetto del nuovo tempio da lui disegnato, e collocato fino al 1750 nel Palazzo Senatorio.
Quel che rimane dell'edificio è un vano rettangolare (5,90m x 3,65m), oggi a destra della navata della chiesa, dalle spesse mura (2 m ca.) giustificabili per la sua funzione detentiva. Negli anni '60 è stato scoperto un ambiente attiguo al carcere, ad un livello più basso rispetto l'attuale piano del calpestio, formato da tre absidi, quella centrale a pianta rettangolare preceduta da un piccolo transetto, che finisce appoggiato alle mura di Carlo V.
C'è chi parla di carcere inferior, riservato a coloro che erano destinati alla pena capitale, o di una basilica cristiana o pagana ma in genere vengono indicati come i bagni dei gladiatori. Questi tre ambienti costruiti con poderosi blocchi lavici e coronati da archi in mattoni non si sa se appartenessero a bagni privati o non fossero piuttosto parti costruttive di un palazzo, sede della più alta carica rappresentante di Roma, che è tradizione ubicare nella parte più alta del sottostante anfiteatro,collocato sul fianco della collina di Montevergine.
All'esterno del carcere, a sinistra dell'attuale porta di accesso, un concio di pietra lavica conserva, secondo la tradizione, le orme impresse di S. Agata.
Il Santo Carcere fu ampliato fino ad incastrare le mura cinquecentesche che corrono in quel punto e in cui fu aperta una finestrella alla quale esternamente è stata collocata una lapide che ricorda Sant' Agata e l'apostolo Pietro che la sanò ed invita il viandante a sostare e onorare il luogo santo. Un bassorilievo a mezze figure raffigurante i due personaggi è posto al di sopra della finestra.
Questi luoghi in occasione dei festeggiamenti della Santa (dal 3 al 5 febbraio) prendono nuova vita: la salita dei Cappuccini si ammanta di bianco per il colore delle vesti dei devoti; il carcere è quasi inaccessibile per la moltitudine di gente che va a visitare questi luoghi.