La grande Chiesa di San Nicola, che si ispira ai modelli architettonici romani, fu iniziata nel 1687 su disegno di G.B. Contini. Dopo il terremoto del 1693 i lavori furono portati avanti da diversi architetti, tra cui Francesco Battaglia e Stefano Ittar; quest’ultimo realizzò la cupola alta 62 metri: il prospetto, come si può vedere dalle coppie di colonne non finite, rimase incompiuto (1796); tra le cause principali dell’interruzione dei lavori vi furono le difficoltà di ordine tecnico e i gravi problemi economici.
L’interno della chiesa è a tre navate e raggiunge una lunghezza di 105 metri; ciò che colpisce è la grandiosità delle partizioni architettoniche e la chiara luce diffusa che penetra dagli alti finestroni. Nella navata destra e sinistra si aprono le cappelle semicircolari precedute da eleganti balaustrate.
A destra: cappella di S. Gregorio papa con una tela del Camuccini; cappella di S. Giovanni Battista con una tela del romano Tofanelli; cappella di S. Giuseppe con una tela del messinese Mariano Rossi. A sinistra: cappella di S. Andrea con tela di F. Boudard; cappella di S. Euplio con tela del Nocchi e cappella di S. Agata con grande tela di M. Rossi. Alle estremità del braccio orizzontale della croce latina sono due cappelle: a destra è quella dedicata a S. Nicolò di Bari e, a sinistra, quella di S. Benedetto. Al centro dell’area presbiteriale spicca il grande altare maggiore realizzato con materiali preziosi, tutt’intorno si dispongono gli stalli del coro ligneo scolpiti dal palermitano Nicolò Bagnasco.
Ma l’opera che aveva, nel passato, dato più lustro alla chiesa era il celeberrimo organo di Donato del Piano. In una guida di Catania del 1899 leggiamo: "Basta questa sola meravigliosa macchina per la celebrità del monastero dei Benedettini di Catania. Fu opera dell’abate Donato del Piano e vi sono esattamente imitati tutti gli strumenti a corda ed a fiato: ha 72 registri, cinque ordini di tastiere, 2.916 canne. Si ode dall’ottavino al serpentone, dal violino al contrabbasso, dal tamburo rollante e battente alla pastorale zampogna. Non vi è cosa più solenne, più profonda, più maestosa dei ripieni che la orchestra più perfetta non potrebbe produrre".
Anche lo scrittore Wolfgang Goethe, in visita a Catania (1787), andò a vedere questa meraviglia: "Ci recammo nell’immensa chiesa - scrive - e il frate maneggiò il magnifico strumento, facendo sospirare del fiato più leggero gli angoli più reconditi o facendoli rintronare dei tuoni più potenti". Oggi questo capolavoro non esiste più perché tutte le sue parti sono state barbaramente saccheggiate.
Degna di una particolare attenzione è anche la grande meridiana lunga 39 metri. Fu realizzata, nel 1841, dagli astronomi Wolfrang Sartorius barone di Waltershausen di Gottinga e dal prof. Cristiano Peters di Flensburgo. Lo spettro solare vi passa con un diametro maggiore in inverno di 938 millimetri e minore in estate di 28 millimetri, senza la penombra. L’altezza dello gnomone sopra la linea della meridiana è di metri 23 e 895 millimetri. Nei fianchi delle lastre di marmo con le figure delle Zodiaco si possono leggere varie informazioni relative alla meridiana.