La sua fondazione risale all'anno 264, quando il vescovo San Everio, quarto vescovo della diocesi, eresse una modesta edicola votiva nel luogo in cui la vergine Agata subì il martirio del taglio delle mammelle, tredici anni dopo la sua morte. Dopo l'editto di Costantino (313) l'edicola fu sostituita da un vero e proprio edificio di culto costruito, ad opera del vescovo San Severino, tra il 380 ed il 436. La chiesa di Sant'Agata la Vetere divenne sede della cattedra vescovile ed in essa sarebbero state trasferite le reliquie della martire dal loro originario luogo di sepoltura. Ampliata in forma basilicale nel 776 o 778, la chiesa fu la cattedrale della città per otto secoli, fino al 1089 o 1091 (quando il conte Ruggero dispose l'edificazione della nuova Cattedrale, consacrata nel 1094): per questo motivo fu indicata con l'appellativo la Vetere, cioè l'antica.
Quando in epoca medievale (1556) la città fu rinserrata all'interno della cinta muraria articolata da diversi bastioni, la chiesa su tre lati fu perimetrata da uno di questi bastioni (detto del Santo Carcere). Nel 1613 la chiesa fu ceduta all'ordine dei frati francescani del convento di Santa Maria di Gesù e fu costruito un convento annesso ad essa.
Quasi totalmente distrutta dal terremoto del 1693, ad eccezione della cripta sotterranea, fu ricostruita nel 1722 più a ponente e con maggiori dimensioni. Ricostruita dopo il 1693 secondo un linguaggio architettonico semplice e sobrio, la chiesa presenta unica navata ed ingloba strutture del precedente edificio di culto. Resti dell'antica facciata pre-terremoto, visibili attraverso alcune lastre di vetro al centro della navata, dimostrano che la nuova chiesa, nella ricostruzione, sia stata edificata ad una quota più alta (di circa m 1,5) e spostata in avanti di circa 25 metri (occupava una parte del cortile antistante e dell'attuale chiesa di Sant'Agata al Carcere).
Vero e proprio tempio del culto agatino, il prospetto si presenta in semplice muratura e racchiuso tra bianche paraste in pietra calcarea.
Sopra il portale si apre un'ampia finestra e la facciata culmina con un timpano triangolare al di sopra di un cornicione aggettante.
Ai lati del portone, due finestre tonde interrompono il paramento murario della facciata.
Una lapide marmorea posta alla destra del portale ricorda le illustri personalità che visitarono questo sacro luogo.
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