Entrando accanto all'ingresso, sulla parete di destra, è possibile notare una lapide di marmo che riassume le principali vicende che videro protagonista Agata: Computo a' devoti della Santa - S. Agata nacque in Catania l'anno 238 - fu coronata del martirio l'anno 252 - il primo miracolo che liberò dal fuoco la città e sobborghi con il velo fu l'anno 253 - il suo corpo dimorò in S. Agata la Vetere anni 788 - fu da Catania trasportata a Costantinopoli l'anno 1040 - dimorò in Costantinopoli anni 86 - ritornò da Costantinopoli a Catania l'anno 1126 - riposa nella sua maestosa basilica eretta da Ruggiero l'anno 1094 sino al presente.
All'interno dell'atrio vi è un grande portale ligneo del Settecento con lo stemma dell'arcivescovo Pietro Galletti (1729-1757), che fu tra i principali artefici della ricostruzione post 1693; realizzato in stile barocco, esso presenta al centro una scultura lignea rappresentante il Cristo alla colonna.
Ai lati della navata centrale sei altari ornati con magnifici quadri di importanti autori siciliani: La Madonna degli Apostoli di Paolo Pietro Vaccari (1851), La Madonna col Bambino del secolo XVIII di autore ignoto, La Madonna dei Bambini di Giuseppe Sciuti (1898), Sant'Agata al Carcere visitata da San Pietro di Antonio Pennini (1777), La morte di San Giuseppe del secolo XIX di autore ignoto.
A sinistra della navata è possibile ammirare la cassa lignea che per molti secoli ha custodito le Sacre Reliquie di Sant'Agata, sul quale è posto un mezzo busto della santa realizzato nel secolo XIX da un artigiano locale. La scultura è polimaterica: il volto della santa è in legno dipinto, gli angeli ai suoi lati sono in metallo, le mani sono di cera ed il busto di cartapesta, la corona presenta vetri colorati incastonati. Lungo il lato sinistro della navata si trova una scultura lignea del secolo XVIII rappresentante Santa Lucia, che regge nella mano destra una coppa con gli occhi e la palma del martirio, e nella sinistra un libro aperto.